2004年，在國家和地方海洋行政主管部門組織下，各級海洋環境監測機構對我國管轄海域的海洋環境質量狀況開展了全面監測，新增了沿岸排污口污染物排海監測和貽貝監測，首次在我國近岸海域設立了15個生態監控區，繼續加強了河流污染物入海、海水增養殖區、海洋保護區、海水浴場、傾倒區和油氣區等海洋功能區的監測力度。

　　2004年，承擔海洋環境監測任務的機構130余個。動用各類監測船隻200余艘，航時12 000多小時，總航程約10萬海裡﹔出動海監飛機218架次，航時528小時，總航程近12萬公裡。共設立各類監測站位4 800多個，獲得100余萬組監測數據。

　　監測結果表明，2004年，全海域未達到清潔海域水質標准的面積約16.9萬平方公裡，比上年增加約2.7萬平方公裡。近岸海域污染嚴重，污染海域主要分布在渤海灣、江蘇近岸、長江口、杭州灣、珠江口等局部海域﹔近海大部分海域符合清潔海域水質標准﹔遠海海域水質保持良好狀態。近岸海域海水中的主要污染物依然是無機氮和活性磷酸鹽。近岸海域沉積物總體質量較好，但局部海域貝類體內的污染物殘留水平較高，污染程度加劇。大部分陸源入海排污口污水超標排海，其鄰近海域環境污染嚴重。近岸海域海洋生態系統脆弱，大部分海灣、河口、濱海濕地等生態系統處於亞健康或不健康狀態，主要表現在水體富營養化及營養鹽失衡、河口產卵場嚴重退化、生境喪失或改變、生物群落結構異常等。大面積赤潮和有毒赤潮的次數增加，赤潮多發區主要集中在東海及渤海海域。海水浴場環境狀況總體良好。傾倒區和油氣區環境質量基本符合功能要求。