2004年，沿海各地進一步強化了海洋自然保護區的監管，完善了管理制度，組織實施了海洋自然保護區和海洋特別保護區選劃、建設，開展了海洋保護區監測。嚴厲打擊了破壞珊瑚礁、紅樹林等被保護對象的違法行為。全國海洋自然保護區的類型和面積進一步擴大，典型海洋生態系統、珍稀瀕危生物和珍奇海洋自然遺跡得以有效保護。保護區環境質量良好，生物多樣性有所提高。遼寧、山東、廣東等地新建地方級海洋自然保護區10余個。海南省三亞珊瑚礁國家級海洋自然保護區和大洲島海洋生態海洋自然保護區發展規劃已獲批准，濱州貝殼堤島與濕地自然保護區通過了國家級自然保護區評審委員會晉升評審。

　　廣西山口紅樹林國家級海洋自然保護區紅樹林面積比建區時增加了近8平方公裡。通過適度擴大核心區范圍等措施，生物多樣性和生物量顯著提高，紅樹林病虫害的發生得到有效控制。

　　南麂列島國家級海洋自然保護區擴大了核心區范圍，使保護對象由以往單一的貝藻類拓展到海鳥類、海島野生水仙花質種源以及名貴海洋魚類等諸多物種。

　　然而，保護區附近的海洋資源開發活動、人為破壞等干擾因素對海洋保護區產生的巨大壓力依然存在，各級海洋行政主管部門要進一步完善保護區監督管理機制，繼續強化對現有保護區的管理。